建水洛城（今甘肃庄浪）而被贬出朝，罢枢密副使，以资政殿学士出知扬州。至此，主持庆历新政的主要人物全被逐出朝廷，短暂的“新政”以失败告终。
治军有方
韩琦在地方官任上，治军有方，理民得法，“所至设条教，葺帑廪，治武库，劝农兴学，人人乐其恺悌”。庆历七年（1047）五月，韩琦为京西路安抚使，自扬州徙知郓州（今山东东平） 韩琦版刻像[3]
。十一月，王则在贝州（今河北清河）发动兵变，后被文彦博、明镐镇压。十二月，韩琦徙知成德军（今河北正定）。八年四月，又移知定州（今河北定州）。定州久为武将镇守，士兵骄横，军纪松弛，韩琦到任后首先大力整顿军队，采取恩威并行办法，对那些品行恶劣的士兵毫不留情地诛杀，而对以死攻战的则予以重赏，后来他又研究唐朝名将李靖兵法，仿作方圆锐三阵法，命令将士日月操练，结果定州军“精劲冠河朔”。
皇佑五年（1053）正月，韩琦以武康军节度使徙知并州（今山西太原）。当时在河东路担任走马承受的宦官廖浩然，为人贪恣，仗势不法。韩琦上奏，请朝廷将其召回，如不调走，必依法严惩。仁宗只好令廖回京，并行之以鞭刑。并州所辖地区与契丹接壤，邻边的天池庙（今山西宁武西南）、阳武寨（今山西原平西北阳武村）等地，被契丹冒占，韩琦派人与契丹头领据理交涉，收回了这些地方，并立石为界。宋初大将潘美镇守河东时，为了防止契丹南下劫掠，命令沿边百姓迁徙内地，致使边塞大片耕地荒废不耕。庆历四年欧阳修奉使河东时，就曾建议解除代州（今山西代县）、宁化军（今山西宁武西南宁化堡）、岢岚军（今山西岢岚）、火山军（今山西河曲南）沿边之地禁耕令，以增产粮食，供应边防军需，却为军帅明镐所阻。十余年后，韩琦于至和二年（1055）春再次建议，才得以实行，开垦田地9600顷。
至和二年二月，韩琦以疾自请改知相州。在家乡，建造昼锦堂于州署后园。嘉佑元年（1056）七月，韩琦被召还为三司使。八月，拜枢密使。三年六月，韩琦拜同中书门下平章事、集贤殿大学士。六年闰八月，迁昭文馆大学士、监修国史。
韩琦就职朝廷枢要位置，首先遇到的一大难题就是仁宗的建嗣问题。仁宗三个儿子早亡，皇嗣迟迟未定，而从至和三年（1056）开始，仁宗就时常犯病，一时人心恐慌，议论纷纷。大臣们接连上疏，极力劝说仁宗早立皇嗣以固根本，当中尤以包拯、范镇言辞恳切，但仁宗并不放在心上。五六年过去，到了嘉佑六年（1061），韩琦再提建储之事，认为“皇嗣者，天下安危之所系。自昔祸乱之起，皆由策不早定”，并与参知政事欧阳修等人再三苦劝，仁宗终于同意立堂兄濮安懿王赵允让之子宗实（赐名赵曙）为皇太子。七年九月，韩琦封仪国公。
嘉佑八年（1063）三月，宋仁宗病死。赵曙即帝位，是为宋英宗。英宗即位之初，因病由慈圣太后曹氏垂帘听政。皇太后思想守旧，一些宦官不断向太后说英宗坏话，致使两宫嫌隙萌生，关系颇为紧张。为了调解两宫矛盾，韩琦和欧阳修费了不少精力。韩琦、欧阳修进见太后，太后呜咽流泪，诉说自己的委屈，并说：“老身殆无所容，须相公作主！”韩琦说：“此病故耳，病已，必不然。子疾，母可不容之乎？”欧阳修也一道委婉劝说。见到英宗，英宗则又对韩琦说：“太后待我无恩。”韩琦劝慰道：“自古圣帝明王，不为少矣。然独称舜为大孝，岂其余尽不孝耶？父母慈爱而子孝，此常事不足道；惟父母不慈，而子不失孝，乃为可称。但恐陛下事之未至尔，父母岂有不慈者哉。”从此以后，两宫关系渐渐缓和。治平元年（1064）五月，英宗病愈，在韩琦的劝说催促下，皇太后撤帘，降手书还政。闰五月，韩琦进右仆射，封魏国公。
韩琦身为宰相，却始终以边事为念，他曾多次就边防问题向英宗陈说方略，建议在河北、河东、陕西等路“籍民为兵”，以为“义勇”，三丁选一，于手背刺字，农闲练兵，战时防御，既可增强军事力量，也能减少冗兵军费。
治平三年冬，英宗病重，再度建嗣问题表面化。韩琦进言说：“陛下久不视朝，愿早建储，以安社稷。”英宗点头同意，于是确立颍王赵顼为皇太子。四年正月，英宗病死，赵顼即位，是为宋神宗。韩琦拜司空兼侍中。
神宗即位不久，御史中丞王陶弹劾韩琦，说他自嘉佑以来，专执国柄，君弱臣强，且“不赴文德殿押班”，专权跋扈。神宗知道王陶在诬告，罢了他的官职，但韩琦仍坚决辞职。神宗挽留不住，任命他为镇安、武胜军节度使、司徒兼侍中、判相州。韩琦辞退所授两镇，后改为淮南节度使。正在这时，宋守边大将种谔擅自对西夏发起突袭，一举攻占绥州（今陕西绥德），边界气氛骤然紧张，朝廷忧虑。韩琦在尚未赴任的情况下，又奉旨改判永兴军（今西安），经略陕西。朝中一些大臣认为绥州孤绝难守，主张放弃。韩琦坚决反对。一个月后，西夏国主李谅诈去世，战事暂告平息。
熙宁元年（1068）七月，韩琦复判相州。在相州任上还未满三个月，河北地震，黄河决口，大批灾民流离失所。神宗赐手诏给韩琦，让他迁判重灾区的大名府（今河北大名），并被准许便宜从事。大名之任长达五年，恰逢神宗任用王安石变法，他坚决抵制。
熙宁二年（1069）二月，王安石为参知政事，开始进行变法。九月，颁行“青苗法”。三年二月，韩琦上疏反对青苗法，认为青苗法不论贫富，一律按户等配借青苗钱，上三等户及坊郭大户本是兼并之家，也可贷给青苗钱，这种做法根本不能“抑兼并、济困乏”。神宗看了韩琦的奏疏，一度动摇了变法决心。他对执政大臣说：“琦真忠臣！虽在外，不忘王室。朕始谓可以利民，今乃害民如此！且坊郭安得青苗，而亦强与之乎？”王安石将韩琦的奏疏拿到“制置三司条例司”，逐条批驳，公布于天下。后来韩琦又上疏，申辨愈切。此后，韩琦还对“免役法”、“市易法”等提出了反对意见。针对辽朝利用宋朝与西夏战争和国内危机时要求割让领土，韩琦也表示应该拒绝辽朝的无理要求，献策加强防范，增强对辽朝的军事准备，用武力抗击侵略，洗雪旧耻。“臣今为陛下计，宜遣报使，且言：‘向来兴作，乃修备之常，岂有它意。疆土素定，悉如旧境，不可持此造端，以堕累世之好。’可疑之形，如将官之类，因而罢去。益养民爱力，选贤任能，疏远奸谀，进用忠鲠，使天下悦服，边备日充。若其果自败盟，则可一振威武，恢复故疆，摅累朝之宿愤矣。”
熙宁六年二月，韩琦还判相州，第三次为官家乡，终于实现了“仕宦至将相，富贵归故乡”的愿望。熙宁八年（1075）六月在相州溘然长逝，享年68岁。神宗御撰墓碑：“两朝顾命定策元勋”。谥忠献，赠尚书令。
韩琦“相三朝，立二帝”，当政十年，与富弼齐名，号称贤相。欧阳修称其“临大事，决大议，垂绅正笏，不动声色，措天下于泰山之安，可谓社稷之臣”。
泉州父子
韩国华，字光弼，相州（今河南安阳）人。宋太平兴国二年（977年）进士，景德四年（1007年）以太常少卿知泉州，大中祥符四年（1011年）离泉。韩国华“性纯直，有时誉”。
韩琦，字稚圭，自号赣叟，韩国华第六子，生于泉州郡舍。天圣年间（1023－1032年）进士，历官至宰辅，拜同中书门下平章事、右仆射，执政三朝，封魏国公，卒谥“忠献”。韩琦出生于泉州，泉州人引以为荣。他在泉州留下有忠献堂、生韩古庙、韩忠令、忠献祠，韩国华、韩琦父子画像刻石，连理生韩琦等遗迹和传说故事。
韩琦墓迷
忠献堂：以韩琦生于官舍，后人以韩琦谥忠献为堂名，后易以“清署”，郡守王十朋复旧名。其《复旧额》诗云：“相出相州生此州，巍巍勋业出伊周。后人莫要轻更改，别有堂名胜此不？”生韩古庙：在云山铺（今泉州市二院，已废）。明万历间（1573－1620年）设韩琦像神牌。
韩国华、韩琦父子奉祀于名宦祠，旧名先贤祠，在府文庙明伦堂东。五贤祠，在府治北城隍庙左。
韩中令、忠献父子祠，旧在州治圃，宋淳熙年间（1174年－1189年）韩国华五世孙韩康卿为泉州市舶司提举建，祀韩国华、韩琦父子。有王十朋题诗、梁克家记、黄凤翔记。后废，又祀于五贤祠。
2000年在泉州府城隍庙东侧，即古五贤祠遗地出土《泉州知州韩国华像赞题跋》、《忠献王韩琦像赞题跋》石刻，为泉州南建筑博物馆收藏。
韩国华、韩琦像分别居两石刻中下部，上方及左、右侧为像赞和题跋。韩国华画像石中的《韩公（国华）写真赞》，治平元年（1064年）八月，与韩琦同朝为辅政，关系密切的宋朝着名文学家欧阳修撰，着名书法家蔡襄书碑。《韩琦写真赞》，靖康元年（1126年）徽猷阁待制知蔡州韩驹撰。
诗文成就
韩琦着作有《二府忠论》5卷、《谏垣存稿》3卷、《陕西奏议》50卷、《河北奏议》30卷、《杂奏议》30卷、《安阳集》50卷等。一生写了大量诗文，大多收入《安阳集》行世
韩琦后裔
韩琦的后裔在宋朝一朝地位显赫，其长子韩忠彦为宰相， 韩琦后裔在宋室南渡的时候，随皇嗣到杭州，南宋的宰相韩侂胄便是韩琦的曾孙。历经千余载，韩琦的后裔遍布全国及其美国，加拿大，拉丁美洲，欧洲，东南亚共有100余万。