卷整个PLANT，鲜血首先开始从自己内部流出。
71年7月12日，永恒号被劫，阿斯兰反叛，新一轮的血腥风暴再次掀起。
因为清洗，大批人员被调离岗位，接管这一切的ZAFT不熟悉情况，管理措施漏洞百出，引起了前所未有的混乱。
特别是PLANT的物资流转可以说是乱七八糟，很多失踪的物资无论如何再也查不出来。
萨拉手里的一张张名单，白纸黑字，是无数鲜活的生命，即将失去的生命。
“为了胜利，我们在所不惜！”
“出了胜利，我们将会失去一切！”
“费斯特，清洗继续进行，把那些不可靠的人、外部势力安插进PLANT的眼线一起除掉。”在整整一叠逮捕文件和死刑判决签字后，“独裁者”萨拉说道，在他右手挥动的瞬间，数千人的命运已被注定。
“另可枉杀，绝不放过，这次一定要把PLANT清洗干净。”
随着血色风暴愈演愈烈，整个PLANT被统一在萨拉的旗帜下。
现在PLANT进入全民抗战，非战即为叛国，要么选择战斗，那么在最后一战前就被枪决，再也没有选择的权力。
除联合与PLANT两个势力外，第三势力也在积蓄力量。
战争即将进入最后的、亦为最大的决战。
刀与剑的对话，胜者主导新的世纪，败者舔舐伤口，准备下一场的交锋。
大清洗不是目的，而是手段。
大规模的屠杀导致Teminal在PLANT的情报网络被彻底摧毁，他们不予许存在于PLANT，即使战后也不需要，以自身意志想弄世界的存在，最终会被世界所毁灭。
71年7月29日，PLANT派出精英小队追击克莱因派的叛逃者，遭遇联合军。
混战过后，ZAFT与联合均遭受一定损失，位于“天之御柱”空间站的第三势力损失惨重。
71年9月10日，Boaz攻防战开始.。
71年9月23日，历时13天的Boaz攻防战在核弹的烟花喝彩下落幕。
9月24日，萨拉亲临要塞指挥作战，名为GENESIS的决战兵器进入最后的启动阶段，这场战争即将被创世纪的光辉画上休止符。
同时，最后的决战开始。