之咽喉，江召棠鲜血暴溢，晕跌在血泊中。同时，王安之马上奔到江西巡抚衙门，倒打一耙，向江西巡抚胡廷干来了个恶人先告状，反诬江召棠“突然图赖，出刃自刎”，言罢愤愤而去。胡廷干急忙派官员前往现场查看，见江召棠横卧屋内地上，喉间伤口鲜血直冒，昏迷不语，奄奄一息，搜寻四周，不见凶器，只得暂抬回署，延医抢救，不久江召棠神志渐苏，口不能言，于是索取纸笔，书写了事情的经过。可惜最终江召棠还是因伤势过重而丧命。
江召棠被残害后，消息传出登时在南昌及江西各地引起了轩然大波。本来在南昌教案之前江西各地就曾多次发生教案，而且多是传教士以及教民仗势欺压地方百姓，百姓苦不堪言向官府告状却都反被收押治罪。可以说江西各界早就对这些教会痛恨不已了。
而江召棠之前在处理教案的时候因为能够秉公执法、并且毫不畏惧教会的施压而在民间有很高的声望，这一次江召棠被害消息传出，江西士民同声悲痛，群情沸腾，怒不可遏，之后几日数万百姓前往南昌痛哭吊祭。其中一幅哀挽写道“会垣重地而敢戕官，目中尚有人哉！吁！同僚之耻也，同宗之戚也，同乡之疚也，同种之忧也。”
数万百姓齐聚南昌除了吊唁江召棠之外也将矛头对准了法国天主教教会，可以说双方的仇恨由来已久并且积怨甚深，这一次江召棠的死可谓是彻底点燃了群众的怒火。在祭拜完江召棠之后愤怒的人群浩浩荡荡的奔向了老贡院的天主教堂，而王安之见数万百姓来势凶猛，先以手枪恫吓群众并连续射击，继而至堂后自行纵火.以待将来讹诈，然后夺门而逃。众人纷纷掷石紧追不舍，至东、西湖孺子亭与百花洲之间的洪恩桥将王抓获，王进行挣扎，被群众殴毙后扔进湖中。王安之虽死，但众怒难消，于是“仇教”事态不断扩大，结果当日共殴毙法国教士、教习六人，英国教士夫妇等三人，焚毁教堂、学堂四间。
很难说这数万百姓之后的所作所为是对是错，可是如果没有之前传教士们肆无忌惮的欺压****，百姓们也不会对这些传教士有如此多的愤怒与仇恨，更不会在江召棠被杀之后引起如此大的动乱。所谓一啄一饮，莫非前定；可以说如果没有传教士们的为非作歹，就不会有日后南昌教案的发生。
可是身为高高在上的洋人，他们又岂会将责任拦在自己身上，反正在他们看来错的都是中国这些愚昧不堪的百姓们。谁让他们好欺负恩，别忘了他们背后的官府更好欺负。
教案发生后，英法两*舰齐集鄱阳湖，意存恫吓。法驻京公使吕班，派三等参赞端贵为代表，与清廷所委直隶津海关道梁敦彦，同往南昌查办。端贵抵赣后，故意歪曲事实，不承认江令为被刺，提出惩凶、革官、赔款等项无理要求。而满清朝廷则迫于列强的武力威慑，媚外求和，完全顺从了英法的要求。
最终，这场纠纷还是洋人们获得了胜利，在列强的要求之下，朝廷逮捕“闹教”群众七、八十人，审讯后将其中龚栋等六人正法，十三人监禁，十二人罚作苦工。又将保护教堂不力的江西巡抚胡廷干撤职，布政使周浩查办，按察使余肇康交部议处。