忍术的理论基赐技能作出了系统化，编出了一本忍者的修炼宝典——《万川集海》。虽然流派不同，忍者们修练的经典都是《万川集海》这本书，这本书的内容就是教导忍者如何施行忍术的一切理论基础与技能指导。
在德川家族第四代将军德川家纲时代的延宝4年（1676年），甲贺的隐士藤林保武结合日本和别国历代名将的思想与武学精华，参照该国著作和别国著作的内容写成了集忍道、忍术、忍器于一体的忍者究极修行指南。并将书命名为《万川集海》。正如书名所示《万川集海》就是海纳百川洒流派精髓的意思。
《万川集海》由正心、将知、阴忍、阳忍、天时、忍器六部分组成。此书成为了后来忍者修行的必读教材。《六韬》和《孙子兵法》是对《万川集海》及忍术整体发展影响较深的两部古代著作，由此也可以看出，这些中国古代的军事武学思想为以后日本忍术的发展壮大奠定了充实的理论基础，这是忍术最早的确源于中国的明证，可以说《万川集海》是日本人学习中国古代军事精华和密术玄学修炼之道后的概括总结。
忍术理论
早期的忍者有很多出身于贫苦的农民，而不是地位高贵的武士。因为任务的需要他们一般不会使用正规的武术与敌人一决雌雄，而是使用强调为达目的而无所不用其极的忍术来进行活动。所谓忍术，其理论基础主要是由中国传入日本的孙子兵法，配上“风林火山”的四字箴言组成的。而后再加上修练道以及在山中的伏击技巧发展成为完整的忍术。至于这些山中的伏击技巧，则主要来自住在大和，吉野，鞍马，根来，伊贺的土著居民的山地战经验；而忍术中使用的法术则起源于京都附近高野等佛教密宗的本山；忍术中的武技大部分来自于柳生流剑派，宝藏院流枪术等。在平安时代，由于武士阶级兴起在山中伏击的兵法就由武士去发展；源平时代，学会在山中伏击的源义经成功的使用这一技巧，完成了攻击面的理论；而到了南北朝时期，楠木正成发展出防御面的兵法。从此开始，忍术跟武术才正式分开成为不同的系统。到了战国时代，忍术有了长足的进步。因为在这混乱的时代，各地崛起的大名非常需要忍术，武术和兵法为自己的战争所用。所谓上有好者，下有应者如云。同时由于此时，外地人传入的科技，其他的工艺人数目增多，使得忍者可以以许多民间卖艺工艺身份的技能去从事谍报工作，所以忍者的行业蓬勃发展起来了。
忍术武功
忍术的武功来自柳生流剑派、宝藏院流枪术。但是，忍者对这些武功做了很大改进，使它们成为短刀短枪的用法，以便适合在狭窄的场所作战。
传说与现实
忍者既是武士又是刺客，接受日本忍术的训练（即秘密行动的技术）。“忍者”这个名词最早可以追溯到江户时代。忍者像日本武士道和日本武士一样，遵循一套自己引以为荣的专门规范（忍术），与很多人的想法相反的是很多忍者专门从事间谍活动而不是暗杀。
大量的神话和传奇故事是许多关于忍者的，他们出现于日本战国时代，经常为大名，或是封建贵族执行秘密任务。而直到德川幕府将其纳入正式编制后，进入了最兴盛的年代。
忍术也常分为多种形态如阴忍和阳忍等等：“阴忍”强调隐身潜入敌人内部进行刺探或破坏活动，“阳忍”强调在大庭广众之下运用智谋取胜。
12成员来源编辑
因为中国政权的更迭，新的朝代建立了，原来皇帝的忠臣无法在中国生存，于是移民到与中国有2000多年交往的日本定居。这些人在日本的社会地位很低，只能从事一些例如制造陶器，盔甲，服装之类的日本人不愿意从事的手工业。这些人被称为部落民，以明朝时人最多。部落，也就是后来日本侵略中国时实行无人区时对关押中国人的“人圈”的日本名称。这些明朝移民通常都定居京都，然后也有些人就搬到附近的伊贺或甲贺去工作。此外，他们还使用一些他们带来的技术，例如火药。其他的工艺人也在此生根，例如制造工艺品的师傅，耍玩偶的师傅……各种艺人都来啦……因此造成伊贺，甲贺地区有许多这样的人，造成日后忍者可以以许多民间卖艺工艺身份的技能去从事谍报工作。
此外，还有一些朝鲜人也和中国人一样受到这种待遇。这里的异民族和归化人（外地人落籍日本，变成日本人，改姓日本姓氏）很多。
例如德川幕府初期，因为服部半藏跟随家康工作，就有许多伊贺、甲贺的人跟着服部搬到江户去住。笄町，就是伊贺、甲贺町的转化。在那里还留有半藏门（服部半藏的老房子）的地名。据说服部半藏就是转化人。因为定居日本，为了跟当地合从而为一，就改了个日本姓，改姓服部，从此服部一家就从此诞生。
因为当时日本战争极为激烈，迫切需要情报，可是所谓正统的武士是不会去从事这种偷偷摸摸的行为的，日本武士认为，这种吃苦受累没面子的事情应当由那些下等人去干。而且，当时的日本武术只适合两个人互相约定站好了砍对方的脑袋，就是现在大家可以看到的日本剑道练习的方式，那种山中伏击、在各种地形下进行的不拘一格的战斗也不适合他们。所以，这种特别的工作就由当时日本社会最下层的人来干。
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