建立关税同盟，2010年建立共同市场，并计划最终建立东非联邦。乌肯正在探讨携手打造连接坎帕拉、内罗毕、蒙巴萨等两国重要城市的东非铁路网北部走廊，乌坦已就建设从乌干达阿尔伯特湖区油田至坦桑尼亚坦噶港的外输石油管线达成共识。2017年2月，穆塞韦尼对坦进行国事访问；11月，赴肯出席肯雅塔总统就职仪式。
同卢旺达关系
1994年乌支持卢旺达爱国阵线夺取卢政权后，乌卢关系十分密切。1997年两国共同支持洛朗·卡比拉推翻蒙博托政权，1998年又联合支持刚果（金）反政府武装并出兵刚。但1999年8月后，双方在刚问题上分歧加剧，两国军队曾3次在刚东部发生冲突，致使关系恶化。2001年11月以来，双边关系趋缓。2003年9月，乌总统穆塞韦尼出席卢总统卡加梅的就职典礼。2004年1月，两国总统在伦敦会晤。2月，乌内务部长访卢，同卢方举行第二届两国政府间联合委员会会议。2005年9月29日，两国就遣返在乌的25000多名卢难民进行了商谈。两国关系基本平稳。2011年12月22日至26日，卢总统卡加梅访乌，其间与穆塞韦尼总统共同出席了欧盟援助的乌卢两国边境公路开工仪式。2012年1月25日至27日，卡加梅对乌进行国事访问，其间乌、卢举行两国联合常设委员会第十次会议。12月，穆塞韦尼总统访问卢旺达并出席卢爱国阵线成立25周年庆典活动。2018年3月卢总统卡加梅访乌期间，双方否认乌卢关系紧张，同意加强在情报安全及基础设施等发展领域的沟通。
同布隆迪的关系
双方关系良好。1993年至2003年，乌干达参与斡旋布隆迪国内和平谈判。布隆迪是乌干达商品主要出口市场之一。两国均系非盟驻索马里特派团出兵国。2015年以来，布隆迪各党派围绕总统恩库伦齐扎“第三任期”问题激烈博弈。穆塞韦尼总统被东共体任命为布隆迪问题调停人，多次赴布斡旋，但未取得实质性进展。乌认为东共体应在布问题上加强协调，坚持协商对话、政治解决。但一旦布局势持续恶化，应考虑向布派遣维和军队。
同其他非洲国家的关系
2000年，穆塞韦尼总统出席了在开罗举行的首届非洲－欧盟首脑会议（4月）、在洛美举行的第36届非统首脑会议（7月）、在阿鲁沙举行的布隆迪和平会议（3月）、在阿鲁沙（7月）和内罗毕（9月）召开的布隆迪和平进程地区首脑会议（9月）。穆塞韦尼总统访问了利比亚（8月和11月）、尼日利亚（9月）、莫桑比克（11月）。布隆迪总统布约亚（1月、3月和9月）、吉布提总统古莱德（7月）、南非前总统曼德拉（10月）、刚果（布）总统萨苏·恩古索（11月）访问了乌干达。