013年2月11日，一个自称苏禄苏丹国后裔的武装部队从菲律宾南部进入沙巴东部地区索取领土，并引起持续41天的拿笃冲突，两国外交关系再次陷入紧急状态。马来西亚对此采取反制措施，包括遣返在沙巴的菲律宾非法移民。2016年11月8日，菲律宾总统罗德里戈·杜特尔特向马来西亚进行国事访问，并会见马来西亚时任首相纳吉·阿都拉萨。两国首脑在会谈中仅聚焦在两国海域安全问题和经济上的合作，同意搁置沙巴领土争议问题。2018年7月16日，菲律宾总统罗德里戈·杜特尔特访问马来西亚首相马哈迪·莫哈末，并赠送马哈迪肖像油画为礼，讨论双边关系和伊斯兰极端组织（ISIS）等课题。2019年3月6日，应杜特尔特邀请，马哈迪前向菲律宾马尼拉，杜特尔和马哈迪于7日在总统府马拉坎南宫举行双边会谈，讨论政治、经济和民间合作。
同泰国的关系
2005年马泰双边贸易额516.1亿令吉，占马外贸总额的5.33%。2006年7月，副总理兼国防部长纳吉布赴泰国出席马泰边境委员会会议。
同越南的关系
两国交往的历史最早可以追溯到15世纪，而当代的马来西亚政府则在1973年3月30日与当代的越南政府建交，截至2022年仍未中断。
越南共和国（南越）政府在1957年马来亚联合邦独立后予以承认，两国之间的关系也在此时展开。此后马来西亚便开始援助南越政府，协助它们与越共游击队、北越军作战。马来亚首相东古·阿卜杜勒·拉赫曼在1958年首次访问南越，南越总统吴廷琰也先后在1958年1月和1961年10月回访马来亚。马来亚在1963年与位于婆罗洲的沙巴、砂拉越合组马来西亚，这时吉隆坡政府担心，按照骨牌理论，越南民主共和国（北越）共产主义者的影响可能对马来西亚的存亡构成威胁，而且马来西亚也经历过gong dang 叛乱，所以他们改变立场，大力支持美国介入越南战争。东古拉赫曼在1966年12月表达这些忧虑，并呼吁美、英两国为越南的战事提供更多的后勤支援。马来西亚曾为南越官员开设训练班，教授公共行政技能、游击战战术；并向南越提供摩托车，旨在增加南越警队的实力，以及南越军后勤补给的能力。马来西亚在1975年越战临近尾声之际分两阶段停止驻南越使馆的运作：首先在4月12日撤走使馆人员，然后在16天后（西贡易帜前两天）正式闭馆。1975年5月越南南方共和国临时革命政府接管南越，马来西亚随即予以承认，并表示大马不会偏向任何一种政治思想和社会体制。