武二十五年（1392年）皇太子朱标病死，朱允炆被立为皇太孙，由于自幼熟读儒家经书，所近之人多怀理想主义，性情因此与其父同样温文儒雅，即长皆以宽大著称。朱允炆为皇太孙时，曾向太祖请求修改《大明律》，他参考《礼经》及历朝刑法，修改《大明律》中七十三条过份严苛的条文，深得人心。
明洪武三十一年（1398年）闰五月，明太祖去世，死前密命驸马梅殷辅佐新君，朱允炆在同月（6月30日）即位，定次年（从1399年2月6日开始）为建文元年。惠帝在六月晋用齐泰为兵部尚书、黄子澄为太常寺卿，七月召方孝孺为翰林院侍讲，[1]在国事上倚重三人。惠帝的年号建文有别于其祖父的洪武，他不想仿效祖父以严刑峻法治国，即位后改行宽政，《明史·刑法二》记载“元年刑部报囚，减太祖时十三矣”，囚犯人数减至洪武时期的三成左右。
明太祖为巩固皇室，大封宗室为藩王，各拥私人护卫军队。对惠帝来说，诸藩王大多为其叔辈，且在封地掌握兵权，心中由是不安。惠帝为皇太孙时曾问黄子澄曰：“诸王尊属拥重兵，多不法，奈何？”子澄回答说诸王军力不足以抗衡朝廷。惠帝即位后，下令各王国的地方文武官员听朝廷节制，采取削藩政策，先后废黜周王、湘王、齐王、代王及岷王。在部署对付年龄最长、军功最多、武力最强大的燕王朱棣时，由于惠帝身边的谋士多缺乏实际的政治经验，以致打草惊蛇，引发了燕王先发制人的念头。朱棣在权衡利害之后，于建文元年（1399年）七月在封地北平起兵反叛。他以“靖难”为名，向京师进军。
尽管朝廷的兵力远胜燕王，由于惠帝下令“毋使朕负杀叔父名”，必须活捉燕王，这样便掣肘了中央军。加上以前太祖滥杀功臣名将，以致朝廷缺乏将才可用，而燕王曾随功臣出征，有雄才、善用兵，将士用命，因此中央军屡为燕军所突破。建文四年（1402年）四月，中央军主力在淮北惨败，燕军乘胜渡过淮河及长江。这时有人劝惠帝离开京城，方孝孺力请惠帝留下等待援兵，“即事不济，当死社稷”。六月十三日，燕王朱棣从金川门攻入京师应天府，惠帝在宫中举火，皇后**死，惠帝本人及其太子朱文奎则‘不知所终’，至今其下落仍是未定论的历史之谜。朱棣入京后，先捕杀齐泰、黄子澄、方孝孺及大批忠于惠帝的官员，后方称帝。
后人普遍对惠帝朱允炆抱持同情态度，终明一朝，朱允炆始终为百姓所念念不忘。
洪武年间，经过太祖朱元璋的整治，当时国家统一，社会安定，经济得到了恢复和发展，吏治较以前大为清明。然而他生性“雄猜好杀”，屡次兴起大狱，动辄杀戮，政治气氛非常凝重，文武大臣人人自危。建文帝对局势有着深刻的认识，因此继位伊始，就着手改革，改变了太祖朱元璋的一些弊政，史称“建文新政”。
太祖朱元璋用武力夺得天下，自然而然地形成了右武的局面。洪武时，军事衙门大都督府的左右都督都是正一品，都督同知也是从一品，而六部尚书却只有正二品。《大明律》中明文规定文官不许封公侯，因此朱元璋的主要谋士刘基仅仅得封“诚意伯”，而武将得封公侯者多，称王者也不少。这种局面下，文官在议论朝政中的地位可想而知。
建文帝有意结束其祖父尚武的政风，大力加强文官在国家政事中的作用。初登大宝之时，他自己确定新年号为“建文”，与乃祖父“洪武”刚好形成鲜明的对照，从中可见建文帝治国方略的改变。他还立即将六部尚书升为正一品，大开科举考试，并下诏要求荐举优通文学之士，授之官职。
建文帝身边几个被委以重任的大臣也是饱读诗书的才子。兵部尚书齐泰，洪武十七年（1384）应天府乡试第一，次年进士。太常寺卿兼翰林学士黄子澄，洪武十八年（1385）会试第一，与齐泰同榜。翰林侍讲方孝孺是建文帝身边的主要谋士，幼时就以聪敏机警著称，后师从当代名儒宋濂，诗文为时人所推崇。