标赛的入口进入则可以探索秘道的每一处。第三个出入口通往古代城堡。
飞云地下水道
飞云地下水道是《黑２／白２》新增的地点，位于合众西南方。从飞云市靠近天箭桥的码头可以进入这里。第一次进入这里时，修会与主角组队。这里也是主角初次遇见阿克罗玛的地方。飞云地下水道与古代小径相连，也是抵达飞云公园和后巷的必经之路。在春天和夏天必须使用冲浪才能完整探索地下水道；而在秋天和冬天地下水道会干涸，使得部分地区无法前往。
飞云地下水道出现在动画“飞云市・百足蜈蚣恐慌！”亚堤和小智一行人拯救了一只受伤的百足蜈蚣。这个地方在动画中与游戏流程相比要早很久出现。
地底遗迹
地底遗迹是菊老大路中的一个地区。传说的巨人雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁都栖息在这里。只要解开谜题，雷吉洛克就会在岩山之间中出现。收服雷吉洛克后将得到冰山钥匙W2或黑金钥匙B2 ，用以开启冰山之间和黑金之间。通过通信可以得到游戏中无法得到的另一把钥匙。收服全部三只传说的巨人并把它们带去罗斯山最底层，便能唤醒雷吉奇卡斯。
调查地底遗迹的石像，可以根据时间的不同看到不同的提示。在白天看到的提示是“从眼珠开始，向下6，然后向右●调查”；在夜晚看到的提示是“从眼珠开始，向右9，然后向下●调查”。调查指定位置即可打开神秘之门。神秘之门初次开启时连接岩山之间，通过合众连接可以更改神秘之门连接的房间。