地上千年……
最后，姬轩辕只身一人与蚩尤（这是头一口能吞掉一块大陆板块的超大型审判级？？？崩坏兽）在九幽决战，从此下落不明
天命组织
沧海桑田，时间飞逝。“崩坏”对人类的恨，人类对“崩坏”的恨，丝毫没有减退过。为了抵御“崩坏”，具有天赋的人类集合在一起，组成了“天命”。
“天命组织”成立于1470年，其成立目的为对抗“崩坏”保护人类。支撑其运作的有三大家族。
他们分别为：代表“主教”的阿波卡利斯家族。代表“圣女”的沙尼亚特家族。以及代表“骑士”的卡斯兰娜家族。
沙尼亚特家族拥有纯天然的对崩坏的控制能力。
卡斯兰娜家族拥有绝对的崩坏抗性。
被称为“主教”的阿波卡利斯家族与其他两大家族不同的是，它具有能够正面与“崩坏”对抗的能力。其实在缺乏科技与“圣遗物”的当初，能做的只是将“崩坏兽”进行收容。
崩坏抗体的发现：
崩坏抗体顾名思义，可以抵抗崩坏对人体的侵蚀，但这种崩坏抗体只在百万分之一的女性中出现，同时极少数的抗体还能唤醒“圣痕”。
“天然圣痕”与“人工圣痕”：
所谓“天然圣痕”是初代人类将他们的科技与知识转录为基因片段，通过遗传物质（DNA）作为载体不断流传下去。圣痕中记载着大量远超现代科技知识与力量。且各自拥有不同的特征与能力。但圣痕中的科技都是靠崩坏能驱动的，所以圣痕持有者都具有极强的崩坏能抗性。
“阿波卡利斯”的家主—奥托·阿波卡利斯，发现了“圣痕”的这些特征以后，便着手研究“人工抗体”与“人工圣痕”。在上述中的“沙尼亚特家族”和“卡斯兰娜家族”就是拥有“崩坏抗体”的一族，“天命组织”获得两族人的抗体样本，经过漫长的研究终于完成了注射方式的“人工抗体”。以及，基于“人工抗体”制作的“人工圣痕”。但由于无法提取“天然圣痕”的样本，导致“人工圣痕”的不完整。不仅在性能上劣于“天然圣痕”，还会严重缩减使用者的寿命。
完美的战士
（卡莲事件——简单来说就是奥托就是传说中的废材模板，从小体弱多病，然后就跑去点科技树了，然后他的青梅竹马卡莲开始和他都相互有好感，然后因为奥托父亲那帮人为了利益而把狗脑子打出来了，然后卡莲叛逃了，然后卡莲被抓回来了，然后卡莲要被处死了，然后奥托准备救卡莲，然后卡莲当场说自己喜欢上了一个叫八重樱的律者妹子，然后在处死卡莲当天奥托放出了关押的崩坏兽制造混乱想要救出卡莲，然后卡莲当场给了奥托一巴掌，然后卡莲在阻止这群崩坏兽的过程中战死了……）
“卡莲事件”的发生导致了奥托主教的疯狂，他开始进行一系列的研究与计划。而以下内容只是个疯狂与扭曲的开端。
由于“人工圣痕”的不完美，“天命”为了得到最完美的战士对抗崩坏。“沙尼亚特家族”的塞西莉亚与“卡斯兰娜家族”的齐格飞在组织的命令下，缔结了婚姻。随后，塞西莉亚产下一女，由后来的”圣芙蕾雅学园”院长德丽莎·阿波卡利斯取名为琪亚娜·卡斯兰娜。但“沙尼亚特家族”天然的“崩坏源控制力”并未在童年的琪亚娜身上得以体现。虽然组织表面上认定琪亚娜为“失败品”，但仍然暗中监视着。
1999年，第二次崩坏爆发，塞西莉亚率领“雪狼小队”对抗第二律者。在最后关头，奥托主教认为塞西莉亚不足以击败“第二律者”，发射了12颗“崩坏裂变导弹”（核弹），导致塞西莉亚与“律者”同归于尽。深爱着塞西莉亚的齐格飞因不满组织的做法，带着琪亚娜离开组织，过上了逃亡的生活。但齐格飞带走的真的是琪亚娜吗.....
“沙尼亚特家族”与“卡斯兰娜家族”因为都失去了最强的战士，由此衰落。
逆熵
在“第二次崩坏”中“逆熵”作为“天命”、“崩坏”的第三方势力登场。并从“天命”手上拿走了一块“征服宝石”。
“逆熵”诞生于1955年，建立者是“第一律者”瓦尔特。
1955年“天命北美支部”发现了一处新的上个文明所留下的遗迹，邀请位于英国的“天命”直属“帝国研究院42实验室”前来一同发掘分析。在发掘过程中，他们在遗迹中发现了【保密资料，删除】。当时一共参与研究分析的瓦尔特便带领一批天命的高层科研人员叛变了组织，独立门户。
在瓦尔特之下还有“执行官”，已知的有可可利亚、雷电龙马、爱因斯坦、特斯拉等人。
ME社生产的战术机甲：
“逆熵”的科技水平超过“天命”数年，这点可以从其旗下“ME社”制造的“战术机甲”与“浮空战舰”上看到。但即使如此，“逆熵”想要一举推翻“天命”也是不可能的。因为，“天命”的“人工战力”比“逆熵”高出很多。尽管这是建立在“女武神”的牺牲与痛苦之上的。
后发展效应
在第二次崩坏之后，德丽莎失去了挚友塞西莉亚。奥托对“女武神”如同“道具”一般的态度，让德丽莎极度不满与愤怒。随后她帮助齐格飞带着琪亚娜（K-423)逃脱“天命”组织。2009年，她申请离开“天命总部“，前往最远的极东支部，建立“圣芙蕾雅学园”，理念是培养出“珍惜自身生命的女武神”。这一观点虽然被奥托称为是“幼稚的想法”，但还是被批准实施。
2014年第三次崩坏爆发，无量塔姬子指挥“休伯利安号”前往长空市。在那里，姬子发现了琪亚娜，芽衣和布洛妮娅，并带回了“圣芙蕾雅学园”。德丽莎以齐格飞的下落为筹码，使得琪亚娜留在学园成为女武神。