无所住而生其心“的时候，慧能言下大悟，他说:“一切万法，不离自性。何期自性，本自清净;何期自性，本不生灭;何期自性，本自具足;何期自性，本无动摇;何期自性，能生万法。“阐述了对“自性“的认识。
自性的第一特征是“本自清净“。这个心如果是真心，那它就应该是“清净“的。即“自性“的本质一定是清净的，超越现实而存在的。
“何期自性，本不生灭“，是说自性没有时间的限制，不是具有生灭变化的“有为法“。“何期自性，本自具足“，是说没有空间的限制。这两个特征强调“自性“在时空两方面都是无限涵盖的，因为它是一切现象产生的依据。“何期自性，本无动摇“，为什么不动摇呢?因为它是“真空“，是超越一切、包容一切的一种普遍存在。“何期自性，能生万法“，正因为“真空“是不动摇、不变易的永恒的具足的存在，才能够外化出无穷无尽的事物，成为“妙有“的万法。
佛教的般若思想“假有性空“，到中国后常常变成了“妙有性空“，虽然也讲不稳定性，却更强调了一个“妙“，看到事物如此丰富，都是从类似“最高存在体“中衍生或外化出来的。这就是慧能对自性的根本的认识。
《六祖坛经》更深入人心的思想方式，是符合中国人的传统，如“心平何劳持戒?行直何用修禅?恩则亲养父母，义则上下相怜。让则尊卑和睦，忍则众恶无喧。听说依此修行，天堂只在目前。“都是将佛法和现实生活密切地结合在一起。
慧能有一个很重要的思想的叫“自皈依“，“自皈依佛，自皈依法，自皈依僧“。慧能按照他的理解对“三皈依“给予了新的解释。“自“就是自己，皈依自己内心的佛，这是慧能的创新思维。
所以，慧能把深奥的佛法与中国的传统道德价值观结合起来，而且破除对神灵的膜拜，主张对自心三宝的皈依，振聋发聩，他的开示被尊为经典。