不但不为死难者伸张正义，反而偏袒当地的团练，甚至威胁马启示说道：“回回人打汉人一棍子，要棒打回回人十棍子；汉人打回回人一棍子，只棒打汉人一棍子。你们知不知道？”
随后，濮尧下令将马启示和回回民兵轰出了衙门。
衙门捕快的班头秦英是个回回人。他对知州大人的偏袒极为不满，有心帮助这些蒙受冤屈的外地回回人，便把马启示他们带到了城外的回回村庄秦家庄，与村里的回回人互相串连，打算成群结队地到衙门请愿。
“秦家庄的回回人要请愿。”这个消息传开以后变成了“回回要造反”的谣言。
“回回要造反”的风声迅速传到了官府。大清统治者本来就对回回人抱有偏见。陕西巡抚刘蓉多次称呼回教为陋教。渭南官绅张映兰、华州团练白祥生公开宣称必须清洗造反的回回人，以抓捕太平军的奸细为由杀害了17个回回人。他们在两天之后的夜间放火烧毁了秦家庄。
马启示在大火和混乱中逃出了秦家庄。
汉人中间传说回回造反了。回回人中间传说汉人杀回回人了。一时间，互相矛盾的流言到处传播，搅得关中人心惶惶，人人自危。
据《秦难见闻记》记载：同州所属的地方见到回回人就杀，还截杀南来北往的回回人。有志之士好心地劝告杀手：“你们不愿意享受平安，滥杀无辜会自取灾祸。一旦回回人起来复仇，你们就没命了。”
恰好在这时，云南回回起义领袖杜文秀的两个部下任武和郝明堂来到了华县，暗地里发动渭河沿岸的回回人起来反抗官府。
马启示立即投奔到任武的麾下。
回回人在东府大荔县的八女井、羌白镇、王阁村和渭南的仓头镇起义。从前，这里的回汉相处还算融洽，然而没有几天的时间，回汉的村庄全部被焚毁了。
渭北的汉人团练率先向本村的回回老百姓开刀。马启示潜藏的渭南一带回回人率先向汉人的团练发起了攻击。随后，两个民族的老百姓都卷入到民族自救的血战中。
陕西回回起义由此爆发
战火随即蔓延到华州、华阴等州县和西安府的临潼、三原、高陵、泾阳和咸阳等县。回回起义的队伍迅速扩充到了5万多人。
面对声势浩大的回回起义，陕西巡抚瑛棨等文武官员惊恐万状，谋划围剿却一时无兵，只得暂行安抚。为了安抚回回起义人员，他竟然派遣退休回到陕西老家的前任朝廷大员张芾去劝说。
张芾接受慈禧太后的命令前往临潼。
有人提醒他道：“回回人的饭可以吃，回回人的话千万不可信。你老人家可要多带些人啊。”
张芾自以为威望很高，而且又是去劝和，应该没有什么危险，于是只带了临潼知县等几个随从。
马启示在临潼和张芾展开了谈判。
张芾一坐到谈判桌边便要求起义军交出任武和赫明堂。
马启示本来对朝廷派个退休的老头敷衍了事很不满意，如今他居然一张口就索要起义军的领袖。
马启示一怒之下将张芾和随从全部砍头了。
朝廷安抚起义军的计谋由此破产了。
17日至25日，马启示率领愤怒的起义军围攻同州城，但是，连续9个昼夜都没有成功，只好向关中的西部撤退。
29日，起义军兵临西安城下。双方在西安城郊进行了激烈的械斗。起义军攻占了城西的金胜寺，歼灭大批民兵武装，将西安城团团围住。
困守西安的陕西提督孔广顺和3000余名清军更加孤立了。
起义的烽火迅速燃遍了800里关中秦川。起义队伍发展到了20万余人，严重威胁到大清王朝在西北的统治。
朝廷急忙命令直隶提督成明率领精锐部队驰援陕西。
成明率领的5000多士兵和河南的民兵在洛水南岸被起义军打败了。
朝廷又命令钦差大臣胜保率军入陕。
胜保集合4万余士兵和民兵，在苏家沟与起义军展开了大战。清军兵马自相践踏，死伤无数。
与此同时，马启示乘胜保的军队在西安集中、东部兵力空虚之机，率领起义军在同州一带发动攻势，生擒了署潼关协副将哈连升，夺取了清军的营地和军械，进逼澄城、合阳、朝邑(今天大荔县东部)等地。
西府的凤翔、岐山、宝鸡三县过去有“回回36坊”之称。这里的回回人积极响应东府的回回起义，围困凤翔城长达16个月之久。
回回起义军自东向西席卷了整个关中平原，声势浩大，人数很快发展到了30多万人。
朝廷以连战皆败的罪名将胜保革职，改授常胜将军、达斡尔人多隆阿为钦差大臣，督办陕西的军务。
多隆阿到达以后，陕西的清军才开始转败为胜。
1863年2月，多隆阿会同胜保等部共2万余人，对起义军的重要据点发动了进攻。
起义军以游击战法不断袭击敌人，派出骑兵截击清军的粮饷运输线。
多隆阿一边筹措粮饷，一边派人到王阁村招抚，成功地实行了离间计，造成了起义军内部的矛盾激化，投降派和抵抗派开始相互攻杀。
多隆阿乘机突袭起义军，一举攻占了重要据点王阁村和羌白镇，下令把两个村的回回人无论男女老幼一概格杀。
5月19日，多隆阿攻占了另一个主要据点仓头镇。
同州地区的回回起义军被迫向西部转移，集中在泾阳、高陵和咸阳一带，与西安地区的起义军并肩战斗。
这时，太平军扶王陈得才从湖北再度入陕。云南回回人蓝朝柱率领的起义军余部也在洋县一带活动。
清军顾此失彼。
马启示率领起义军乘机加紧围攻西安。
甘肃提督马德昭和陕西提督孔广顺率领7000多官兵困守在西安，不敢出城迎战。
多隆阿到达西安，再次实施招抚的伎俩，诱使部分起义军投降,打破了起义军对西安的封锁。
10月初，多隆阿向起义军发起了总攻，很快攻占了高陵县城。随后，他分别派遣陕西提督雷正绾和总兵曹克忠一起共守咸阳，截断起义军的西退之路。他亲自率领主力清军，分两路进攻起义军在西安地区的主要基地苏家沟（今天咸阳市礼泉县）。
多隆阿利用清军的马队把起义军分割开来，各自击败，占领了苏家沟和渭城湾（今天的咸阳市渭城区）两地，然后屠杀了将近两万人的起义军。
起义军领导人马启示、白彦虎和马生彦等率领余部退到邠州(今天的彬县)、凤翔一带。
不久，清军又攻占了凤翔、邠州。
起义军被迫再次撤退，来到了甘肃东部的董志塬。
董志塬包括今天甘肃省的庆阳县、宁县和合水县的一部分，南北长87千米，东西宽36千米，面积2260平方千米，是甘肃东部面积最大而且比较平坦完整的黄土塬，海拔1200米——1450米，有13条较大的河沟呈辐辏状向塬心伸入，将塬面切割成了很多沟壑深达150米——200米的碎块。
从此，陕甘回回起义的中心从陕西转到了甘肃。
陕西的回回起义陷入了低潮。