乌什七大城池的野心。
阿古柏及时调整战略的重点，进攻围困了13个月的喀什噶尔汉城（今天的疏勒县）。
9月1日，清军守备何步云开城投降。喀什噶尔办事大臣奎英和协办大臣福珠凌阿带领全家自杀殉国。
阿古柏在汉城中大肆奸淫掳掠，屠杀了数万的满人和汉人。
浩罕汗国被俄国支持的布哈拉汗国再次打败。汗王的近侍官玉努斯江带领7000多浩罕残军，跑到喀什噶尔投奔同族的阿古柏。
阿古柏得到这支军队以后实力大增。
1866年12月，阿古柏攻克和阗，大肆屠杀反抗的市民。
从此，回疆的民众恨透了浩罕人，喊出了“杀尽安集延人”的口号。安集延是浩罕汗国边境上的贸易城市。回疆的老百姓以安集延人代指浩罕人。
大和卓布苏鲁克不甘心做阿古柏的傀儡，在喀什噶尔发动了兵变。
阿古柏很快把不听话的布苏鲁克赶下了宝座，打发他到遥远的阿拉伯半岛朝圣去了，推举布苏鲁克的堂兄买买提明即位。
不料，买买提明也不甘心做阿古柏的傀儡。
随着不断取得胜利，阿古柏认为不需要再用傀儡做遮羞布了，暗中下药毒死了买买提明，索性自己走到了政治的前台。
1867年5月，阿古柏宣布取消哲德沙尔汗国，建立洪福汗国，自封为洪福汗国的国王。
7月，阿古柏征服了南疆最后一个也是最强的对手库车的和卓热西丁。在不到两年的时间里，阿古柏经过不懈的努力和反复的争夺，终于统一了南疆的广大地区。
1870年5月，阿古柏获得了英国和俄国大批的先进装备，进一步向东疆侵犯，遭到了回回起义军的有力打击。
阿古柏率领军队再次反扑，在吐鲁番打败了起义军，又在迪化的城南再次击败了起义军，切断了北疆和河西走廊的联系，收降了白彦虎的陕甘起义军，实力进一步得到增强。
阿古柏带领凶悍的军队兵临迪化城下，要求妥德璘答应取消清真王的称号，接受自己的节制。如果满足以上条件，他可以考虑退兵。
困在迪化城里起义领袖妥德璘只好暂时答应了阿古柏的要求，等到阿古柏的主力部队撤走以后趁机又摆脱了他的控制。
1871年，阿古柏再次进攻迪化，占领妥德璘的皇城，一跃成为了全回疆的总管。他对外则宣称，暂时代大清帝国看管国土。
妥德璘带领起义军退据玛纳斯，与当地的汉人民团首领徐学功联合反攻迪化，但是没有成功。
清军守在塔城、乌苏等少数几个据点里，不敢出来迎战。
英国、俄国和奥斯曼土耳其对回疆早就怀有不可告人的目的，于是争相拉拢阿古柏，企图在回疆争得好处和权利。
俄国早在1865年就承认了哲德沙尔汗国，以此换取在南疆的贸易利益。
阿古柏由于浩罕汗国被俄国消灭而耿耿于怀，因此和英国走得更近。
俄国担心阿古柏和英国吞食了回疆。1871年7月，为了阻止他的扩张，俄国出兵占领了大清的伊犁，以此来震慑阿古柏。
阿古柏的确慌了神，不得不与俄国签订了《俄阿条约》。为了牵制俄国，他又与英国签订了《英阿条约》，使俄国在南疆的贸易特权全部丧失。
1873年，妥德璘在玛纳斯病故。迪化起义军犹如夏日里戈壁滩上落下的雨滴，瞬间消失了。
1875年，左宗棠以刘锦棠、金顺为先导，西征回疆反击阿古柏的侵略势力，打响了收复回疆的战斗。
董福祥的董字三营是土生土长的西北部队，不惧风沙，冲锋在前，大破天山的木垒河（今天的木垒县）和古牧地（今天的米泉市）。
1876年8月17日，清军一举收复了迪化。
守将白彦虎一路逃亡到南疆的门户吐鲁番。
左宗棠命令刘锦棠驻守迪化，金顺追击起义军。
金顺一路势如破竹，在玛纳斯的南城鏖战了三个月。刘锦棠、伊犁将军荣全先后增援，使用新式后膛开花大炮猛击起义军。双方死伤惨重。
起义军的将领或被击毙，或自杀，或被俘。剩下投降的千余士兵全部被金顺杀害了。
清兵从妥德璘的拱北（即坟墓）中挖出他的尸体，挥起战刀就是一顿乱戮，发泄心中的愤怒和憎恨。
阿古柏失去了北疆的所有领土。
1877年4月，左宗棠指挥清军三路并进。
第一路刘锦棠从迪化南下攻击达坂城；第二路张曜从哈密向西进发；第三路徐占彪从巴里坤出发，到迪化东面的盐池与张曜会师，联合攻打吐鲁番。
刘锦棠连克达坂城和托克逊。阿古柏的次子海古拉弃城逃跑。
第二路张耀和第三路徐占彪会师后合围吐鲁番。吐鲁番守将白彦虎被迫南逃。
5月，阿古柏在喀喇沙尔集结嫡系浩罕兵马，准备和左宗棠决一死战。结果，左宗棠还没来到，阿古柏却在29日突然神秘地死亡了。
海古拉让白彦虎防守喀喇沙尔，自己携带父亲的尸体向西部撤退。
白彦虎被左宗棠打得走投无路，也往喀什噶尔方向逃去。
海古拉的侄子伯克·胡里在库车杀死了他，然后在喀什噶尔继承了爷爷阿古柏的王位。
这时，英国应阿古柏的求救才回应大清朝廷，要求左宗棠停止进攻，让伯克·胡里继续在喀什噶尔称王。
左宗棠愤怒地回应道：“英国想让浩罕人称王，可以在自己的国土上划出一块，凭什么要用大清的国土？”
他立即下令刘锦棠进军南疆。
10月，刘锦棠奔袭2000里，收复了南疆东部的四城喀喇沙尔、库车、阿克苏和乌什。
12月中下旬，刘锦棠攻克喀什噶尔。白彦虎逃入俄国境内。
次年一月，刘锦棠光复和阗。
至此，阿古柏建立的洪福汗国彻底覆灭了。除了被俄国占领的伊犁之外，清军收复了被阿古柏占领长达12年的回疆广大地区。
被俄国占据的伊犁是左宗棠背上的一根刺。
伊犁河谷地处北疆，是回疆进出中亚的重要门户。沙俄只要占据伊犁，入侵回疆易如反掌。
大清朝廷派遣曾国藩的儿子曾纪泽与俄国谈判。
俄国当时正在与土耳其进行第10次俄土战争，无暇东顾，被迫做了一些退让。
1881年2月，大清终于收回了伊犁。
1884年，大清正式设置了新疆省。兵部尚书刘锦棠任新疆省的第一任巡抚，接受陕甘总督的节制。
刘锦棠随即实行改土归流。他废除伯克制度，把新疆分为三个道，由朝廷派遣流官治理；仍然保留伯克的头衔，但是权利和级别大大下降；把伊犁将军府划归新疆巡抚管辖，而且只管伊犁和塔城的边防，不再总统全疆军务。实行移民实边，通过降低田租和发放贷款吸引内地的流民到新疆屯田垦荒。
左宗棠为了解决战争中的后勤问题，邀请了大批天津的商人随军进行买卖，俗称赶大营。
赶大营不仅为新疆带来了几千人的天津商贩，改变了过去由回回人掌控新疆商业的社会形态，而且也丰富了新疆汉人的人口成分。