州。
王仙芝既死，众将便推黄巢为主，号称
“冲天大将军”，改元王霸，并设官分职，初步建立了农民军政权机构。
不久，在黄巢率军袭破了沂、濮二州之后，形势又一度逆转。唐廷命右卫上将军张自勉为东北行营招讨使，督兵进剿农民军。
黄巢欲进兵襄邑、雍丘，为滑州节度使李峄所阻。在各地活动的义军也多被官军击溃。
黄巢欲进攻东都，唐廷又迅速派来大批援军。这时，唐廷再一次诱降，诏命黄巢为右卫将军，但黄巢
“度藩镇不一，未足制己”，仍拒绝投降唐朝。转战南北黄巢起义乾符五年三月，黄巢率军进攻汴、宋二州，唐廷以张自勉充东南面行营招讨使，以阻止义军。
黄巢转攻卫南、叶、阳翟，唐廷又诏命河阳兵千人开赴东都，与宣武、昭义兵守卫宫阙，还征调义成兵三千人守卫东都附近的伊阙、武牢等地，以增强东都的防御力量。
黄巢见河南一带官军势力强大，难以取胜，而江南则力量相对薄弱；而王仙芝旧将王重隐又攻陷了洪州，转战于湖南，于是便率军渡江南下，与王重隐部相呼应，接连攻下了虔、吉、饶、信等州。
八月，黄巢军进攻宣州，在南陵为官军所败，于是又进入浙东，经婺州至衢州，然后披荆斩棘，开山路七百里，攻入福建。
同年十二月，义军攻下了福州。在农民军中曾有
“逢儒则肉，师必覆”的传说，其意是遇到儒者则杀，军队必然要覆灭。
大概是黄巢屡试进士不第，对儒者颇为同情，因此当农民军进入福建后烧官府、杀官吏，但凡自称为儒者的皆释而不问。
当义军经过崇文馆校书郎黄璞门前时即下令说：“此儒者，灭炬弗焚。”乾符六年正月，黄巢军遭藩帅高骈部将张璘、梁缵的袭击，一再黄巢起义失利，遂进入广南，包围了广州。
在此期间，黄巢曾致书浙东观察使崔璆、岭南东道节度使李迢，求为天平节度使。
二人惧怕黄巢威势，极力申奏，但朝廷不许；黄巢自己上书，求为广州节度使，却只授予率府率。
黄巢恼怒，大骂执政，便急攻广州，遂于九月占领了岭南的这个重镇，杀节度使李迢，并进而攻占岭南一些州县。
黄巢在广州自称
“义军都统”，并发布檄文，斥责朝廷
“宦竖柄朝，垢蠹纪纲，指诸臣与中人赂遗交构状，铨贡失才”，提出
“禁刺史殖财产，县令犯赃者族”，檄文所说，史称
“皆当时极敝”。黄巢军已转战各地多年，这次占领广州，
“欲据南海之地，永为巢穴”，作为反抗唐朝统治的根据地。但在这一年，从春至夏，疫病大为流行，不少义军将士染上了疫病，
“死者十三四”，部下又多
“劝请北归，以图大利”。黄巢见在广州难以持久，于是决定杀回中原地区。
同年十月，黄巢率军离开广州，向西北进发，攻取了桂州，恰遇湘江水暴涨，义军便乘数十只大木筏顺流而下，经永州、衡州，攻占了潭州。
之后，尚让乘胜进攻江陵，号称五十万。荆南节度使王铎见义军声势浩大，诸道兵又未赶到，以为江陵兵少难以固守，便退守襄阳。
尚让攻克了江陵后即与黄巢合兵进攻襄阳，但在荆门中了埋伏，被官军击败，损失甚大。
黄巢收集余众，稍加休整，遂渡过长江进攻鄂州，攻破了外城。之后，又转而进攻饶、信、池、宣、歙、杭等十五州。
这时黄巢军又得以发展，
“众至二十万”。黄巢在江浙一带的胜利进军再次震撼了唐廷，唐僖宗一面任命淮南节度使高骈为诸道行营都统，命他迅速进攻义军，同时征调昭义、感化、义武诸道兵南下，与高骈协力作战。
广明元年三月，高骈遣其将张璘渡江南下，黄巢军连战失利，退守饶州。
张璘又乘胜进军，五月，黄巢又退守信州。这时北方诸道军已兵临淮南，张璘又率兵追击甚急，而信州又恰遇疫病流行，义军士卒多死，元气大伤。
在义军处境十分危急的时刻，黄巢巧施缓兵之计：一方面用重金贿赂张璘，使其减慢进军；另一方面又致书高骈，表示
“投降”。高骈中了黄巢圈套，以为大功告成，遂上奏朝廷，声称义军
“不日当平，不烦诸道兵，请悉遣归”。当黄巢获悉诸道兵已经北渡淮河，散归其镇，而且义军也恢复了作战能力，即抓住时机，一举杀死张璘，大败淮南兵，并乘胜攻占了睦州、婺州。
同年七月，黄巢率军从采石北渡长江，进围天长、六合等县，义军一时兵势甚盛。
这时，高骈见诸道兵已经北归，张璘又战死，
“自度力不能制，畏怯不敢出兵，但命诸将严备，自保而已”，同时又向朝廷上表告急，奏称义军六十万，距扬州已不足五十里。
之后
“遂称风痹，不复出战”。唐廷本对高骈寄以厚望，这时见高骈告急，顿时慌了手脚，急忙诏命河南调动各道兵驻守溵水，以阻止黄巢军北进。
九月，义军击败泗州官军，又遇溵水官军内讧，各自散归本镇，于是义军全部渡过淮河。
黄巢自称
“率土大将军”，队伍
“自淮以北整众而行，不剽财货，惟驱丁壮为兵耳”。义军攻陷申州之后，长驱进入颍、宋、徐、兖等州，所到之处，官吏四处逃散。
起初，义军将北渡淮河时，宰相豆卢瑑曾议请授黄巢为天平节度使，待其到镇时再发兵除掉他。
另一宰相卢携执意不从，认为只要发兵守住泗州，义军不能入关，必还掠江、淮，便无能为力。
不久义军北上，淮北告急，卢携遂惶愧称病不出，京师也充满了恐怖气氛。
十一月，义军进入汝州，黄巢自称
“天补平均大将军”，并传檄官军说：“各宜守垒，勿犯吾锋！吾将入东都，即至京邑，自欲问罪，无预众人。”这时朝廷乱作一团，有人主张调发关内诸镇兵扼守潼关，大宦官田令孜还自请率两神策军弓弩手去守关；有人则认为义军拥有六十万之众，潼关又无重兵，难以坚守。
但僖宗还是决定让田令孜率兵东守潼关。十一月十七日，黄巢大军进抵洛阳城下，唐将齐克让退守潼关，东都留守刘允章则率众出城迎接黄巢入城。
义军纪律严明，只是
“供顿而去，坊市晏然”。