，驻于县城的约一千余人，分驻里州寨约二百人、城中五-六百人、火车站三-四百人、卫生院百余人、上猫寨数十人。司令部驻南楼，海福三千雄驻火车站宾馆。
由于日军入侵独山兵力不到四千，战线拉长，给养不足，又时值初冬，衣不御寒，加之蒋介石已调大军云集贵阳、马场坪一带，又有部份国军在两广威胁敌后，日军中央指挥系统已深感孤军深入之危险。于是在2日当晚，敌11军军部立即向入侵黔南之步兵第3和第13师团下达撤退命令。敌侵独山各部队3日16时，接到第3师团的撤退命令后，经与师团参谋野野山商议，决定按以下部署从独山撤退：（1）从12月4日黄昏开始反转，在此以前做好各项准备；（2）独山附近的各种设施、工厂、军需品等，由工兵全部炸毁烧光；（3）途中洞窟的弹药库、储油库等亦尽量烧毁；（4）铁路、桥梁、隧道、通讯设施也要极力予以破坏后撤退。因此，敌人退却前加紧掳掠，到处拉夫，奸淫妇女，于是引起洞口爆炸。四日下午五时许，驻里州寨敌军四处搜索，该寨侧有一洞，名"洞口"，上有房屋数十间，为敌所据。敌人曾掳妇女数人，意欲迫入洞中行奸，讵料洞中存有我方未运走之大量炸药，敌人以洞中黑暗，遂携火入内，不料炸药遇火即爆炸，洞为之崩，石飞数里，声震数十里，计炸死敌军100余人（另一说炸死敌军11人），居民难民亦死伤数十人，敌人惊惶失措，是夜开始分途撤退。洞口爆炸加速了日军的撤退行动。
12月4日黄昏，日军开始反转，同时，放火焚烧市区西部的被服、卫生、粮秣仓库，爆破震大地，火灾逐渐蔓延。此时，后卫已离开独山，约10分钟，北部的两个弹药库被炸毁，烟火冲天，巨响震地。随后，车站的要部、机车、车皮的小爆炸也开始了。最后为桐油库、汽油库的大爆炸。经过约1小时，第1中队（工兵）撤离，独山变成一片火海。在友军通过后，以中队长号声为信号一齐放火焚烧，破坏公路技术设施，工厂等。爆破黑石关的石墙时，爆炸声接连不断，满山都在燃烧……下司附近（注麻网、麻同）已知的三座和新发现的一座弹药库，统由3个独立小分队（工兵）和器材小队（工兵）按联队长的指示，依次爆破。此地也引起猛烈的山火……同时又听到东侧响起爆炸声，推测第2中队（工兵）正在爆破黔桂铁路的要害部位。据该中队到南丹复命称，共破坏铁路桥三座，隧道两道，车站一处。
5日，敌军分途续退，并将所住房屋焚烧，以致全城房屋百无一存，从山脚寨、矮关、谭子里旺、黑石关、上司街，沿途敌骑所至，杀人放火，庐舍为墟。在黑石关，有两个中国士兵被捆在树上开肠剖腹，肠子还挂在面前；在倒拱，有个二、三十岁的妇女被奸污后死，不穿裤子，刺刀还插在阴道上，惨不忍睹。直至六日敌军全部退出独山境内，8日晚国军第一兵团先头部队开始到达独山，黔南事变独山之战方告结束。
中路和东路分别为日军第3师团的主力34联队和68联队和第三师团的第6联队，其分由广西思恩（今环江县）经黎明关向荔波和三合（今三都县）向八寨（今丹寨县）、都匀追击。11月28日窜至九阡乡时，即遭到农民武装截击，与日军激战于十里长坡。当晚敌连夜攻石板寨，也遭到农民顽强抵抗。黎明时，敌用平射炮烧夷弹轰炸，炸毁石板寨半个村。农民退居山后，当时水迭农民抗击日军，全村也被毁。一路上日军经过姑檀、板南、扳黎、龙场坡水昂等寨都曾遭到农民的抵抗。敌又烧毁了亩改全村及板南半个村。29日，敌窜进三洞乡，攻三洞乡之板黎洞，破洞口后，农民惊慌由亮洞奔向黑洞，因经一处悬崖窄路，崖下有深潭，急奔时落崖溺水死亡30余人。敌虽不敢再进黑洞，但已将亮洞所存的货物、牲畜一抢而光。30日敌由三洞侵入三都县城。三都县长冯永升把军四分校存在县里的三个仓库的全部军用物资用煤油烧毁，并沿烧附近民房。冯率保警队30余人逃到乡下躲避，并抢劫逃在山里的农民的货物甚多。三都街上湖南会馆及十字街等一带民房，被敌用煤油烧去500多家，其余未烧房屋亦被拆去烧火。强奸掳掠，无恶不作。有陶罗氏者，被日轮奸身死。城中财物牲畜，一概掳尽，800多户居民无家可归。同日杨森部不敢到三都，遂率第20军军长杨汉城，副军长夏桐等退抵荔波县城。12月1日荔波境之敌窜扰洞塘有向荔波县城进犯意图。杨森得悉，又赶快由县城逃走周覃。荔波县长陈企崇拐带公款随行。12月2日敌分一支由董罕出朝阳乡，另一支则由拉交出时来乡，采包围永康乡杨森部夹攻县城。杨森离城后，第26军军长丁治盘等即率部退抵荔波县城。同日窜三都之敌进犯丹寨。到丹寨后又分为两股：左股到姬家河，拟渡河犯都匀；右股窜向瓮城河拟渡取麻江，路上拉农民抬枪弹行李，走不动的立即枪毙。如城内周家锡，年老体弱，即被打死在交黎街上；另一个居民彭继龙去不返。当时由独山逃来的3000多难民，到三都烂土乡，被土匪抢光。到大河乡时突来美机五架投弹5枚轰炸，幸而四枚落在河中，一枚炸毁大河街上房屋3间，伤农民1人，复用机枪扫射，把大河街上房屋打成无数孔洞，幸未伤人。 春秋网
12月3日上午，国民党26军又由荔波县城撤退，烧去县城房屋100余家。下午日军日竹部市川第5中队等侵入县城，据估计不下2000人。12月4日，敌退驻永康乡，又烧去荔波县城200余家。12月5日敌全部又由丹寨退抵三都县城。6日分两路，一路由三都县属都江区经坝街出九阡；一路按去时路线经三都县属的水龙区到荔波县属的三洞乡出九阡。两路会合后，同出佳荣乡窜回广西。所路过村寨任意烧杀掳抢奸污，无恶不作。沿途居民痛恨入骨，截其去路，杀死不少敌人，也夺获一些枪械。6日敌出三都县城到牛场乡时，当地农民江月波等击毙敌十人，缴获轻机枪一支，步枪十余支，大马一匹。江月波也不幸中弹牺牲。相反敌经三洞水更村杨柳关出九阡时，国民党26军军长丁治盘等也由周覃起身到三洞乡的杂哄村脚，距敌数华里，却不能前进，俟敌去后，才经过三洞往坝街。同日敌另一股由三都退至都江区上江街时，抢去粮食8000余斤、猪100余头、鸡鸭2000多只、货物无数，并烧去住房80多间。7日敌进至排僚村猫滩河，与杨森部队26军遭遇，战数小时，杨部死伤10余人，退走榕江县属的兴华乡。敌遂进驻坝街。8日敌至九阡，九阡乡农民又截杀日军，予以沉重打击。敌又烧板南、岜凯两个全村，并射击毒气弹攻岜凯寨，农民潘华臣抗拒中毒牺牲。事后调查九阡乡两次杀敌，共计活捉日军5人，其中有一排级军官焦滕重好，都被愤怒的农民杀掉，又夺得南部式机枪1挺、小钢炮1门、三八式步枪117支和我国北方高大骡马3匹，防毒面具79套，太阳旗军用地图、缅刀等多件。我方农民共牺牲13人、伤7人，被炸房屋258家。